意大利教练拉涅利于1998-99赛季在瓦伦西亚建立意式防守体系，同年夺得国王杯，1999年库珀的到来使瓦伦西亚开始在欧洲雄起，连续两年进入欧洲冠军杯决赛，虽然分别负于皇家马德里和拜仁慕尼黑，但是瓦伦西亚已经引起了全欧洲的轰动，2002年贝尼特斯继承了前任的衣钵，终于称雄西甲，2003-04赛季，瓦伦西亚在非常困难的情况下后来居上反超皇马夺得联赛冠军，并在欧洲联盟杯决赛中击败马赛获得冠军，紧接着他们在欧洲超级杯赛上击败波尔图。
        这之后瓦伦西亚进入动荡时期，贝尼特斯与高层产生矛盾离队，功勋级主席奥蒂下野，志大才疏的索莱尔上台后花钱不少但效果欠佳，弗洛雷斯的执教成绩刚起到一定效果就被意外解职，而2007-08赛季上任的科曼更是搞砸了团队气氛，获得国王杯冠军但联赛排名第十无法令球迷满意，最终主席和主教练同时下课。
        2008年夏天俱乐部聘请了少帅埃梅里，之前他带领默默无闻的阿尔梅利亚跻身前8，留住多名核心球员是埃梅里的首要任务，同时西班牙电信公司的前任总裁比利亚隆戈成为俱乐部最大股东，他喊出了5年内夺取西甲和冠军杯冠军的口号。
        09年6月5日，瓦伦西亚主席维森特·索里亚诺因受困俱乐部财政危机宣布正式辞去主席职务，曼努埃尔·略伦特随即接任。夏季转会中，俱乐部成功留住比利亚、席尔瓦等主力，加维兰以及阿里斯门迪的转出收获了大笔资金。

        瓦伦西亚城是西班牙第三大城市，因其极优越的地理位置被誉为“地中海的明珠”，历史上曾作为地中海帝国财政首都而极度辉煌，并拥有自己独特的传统和语言。瓦伦西亚在西班牙仅踢过四年乙级联赛，在上世纪50年代瓦伦西亚是欧洲闻名的劲旅，1971年重夺联赛冠军之后开始一个新的旅程，近10多年以来名帅希丁克、阿拉贡内斯、巴尔达诺、拉涅利、库珀和贝尼特斯等人都为“蝙蝠军团”做出贡献。

        西甲联赛冠军：1941-1942, 1943-1944, 1946-1947, 1970-1971, 2001-2002, 2003-2004。
        国王杯冠军：1941, 1949, 1954, 1967, 1979, 1999, 2008。
        西班牙超级杯冠军：1980。
        欧洲联盟杯冠军：1962, 1963, 2004。
        欧洲超级杯冠军：1980, 2004。