CFR克卢日足球俱乐部成立于1907年；当时的克卢日市还是奥匈帝国的一部分。俱乐部原来的匈牙利语名称是“铁路工人队”。1907至1910年，克卢日参加了克卢日-纳波卡地区联赛，然而并没有取得引人注目的成绩。
1910年，球队赢得了新创办的特兰西瓦尼亚联赛冠军，并在1911－1914年连续四次获得亚军。这项赛事随后由于第一次世界大战而被迫中断。战后特兰西瓦尼亚成了罗马尼亚的一部分，因此俱乐部更名为CFR克卢日，保持和国家铁路的关系，并在1918-1919和1919-1920两个赛季中获得地区联赛的冠军头衔。
1936年，克卢日被降入第三级别联赛，罗马尼亚第三级别联赛由于二战而解散，克卢日参加了匈牙利第二级别联赛并升入顶级联赛。1941－1944年间，克卢日参加了匈牙利顶级联赛。二战结束后，克卢日在罗马尼亚第三级别联赛中打了一个赛季，并成功升级。1946-1947赛季，克卢日与当地另一家俱乐部“Ferar Cluj”合并，并首次参加了顶级联赛。遗憾的是，他们在顶级联赛中只打了两年就遭降级，并且之后的20年都一直未能升级。
1969年夏天，克卢日在教练康斯坦丁·勒杜列斯库博士的带领下打进顶级联赛。勒杜莱斯库出生于罗马尼亚南方，但成长于特兰西瓦尼亚地区。在成为教练之前，他曾经在20世纪40年代效力过CFR克卢日以及当地另一家知名球队克卢日大学队。1990年，克卢日遭受财政危机，多次濒临破产。
2002年1月，俱乐部换了新老板，2004年，球队的表现近乎完美，他们重返阔别28年之久的顶级联赛。2005年夏天，CFR克卢日发生了非凡的变化。他们首次杀入欧洲赛场，参加了国际托托杯。2007-08赛季更是取得了惊人的双冠王成绩。

　　罗甲冠军：2007-08赛季
罗杯冠军：2007-08赛季，2008-09赛季
罗超级杯冠军：2009年