该俱乐部成立于1908年2月3日的雅典，当时乔治·卡拉法蒂斯和一些运动员通过在外地租用新的比赛用地以达到训练和比赛的目的，这一决定在卡拉法蒂斯花费两年的时间与俱乐部斡旋，商议建立足球设施，俱乐部在这方面并不愿意，他们认为足球只是一项工人阶级的运动。球队的第一个非官方比赛是对阵奥林匹亚科斯的前身Piraeikos球队，结果Piraeikos被9-0横扫，这场胜利也让球队首次引来支持者。在1909年希腊第一次正式足球联赛中，彭拿典奈高斯落后于高迪和Piraeikos排名第三。
        帕纳辛奈科斯是希腊历史上最成功的球队之一，获得过19个国内联赛冠军和16个杯赛冠军。虽然这两项数据都不如死敌奥林匹亚科斯，但是俱乐部欧洲比赛的战绩却要优于对手。1971年，帕纳辛奈科斯打入过欧洲杯决赛，虽然0-2不敌阿贾克斯，是唯一一支进入过欧洲比赛决赛的希腊球队。此后他们还先后两次打入过冠军杯和冠军联赛的半决赛。
        进入90年代是球队最为成功一个时期，包括国内赛场以及国际赛场，四届希腊顶级联赛冠军（1990，1991，1995，1996），四届希腊杯冠军（1991，1993，1994，1995）以及两届希腊超级杯冠军（1993，1994），1996年，球队在联盟杯上进入到半决赛，当他们面对荷甲劲旅阿贾克斯的挑战时，首回合还以1-0领先，不过第二回合以0-3失利，失去进入决赛的机会，随后很长一段时间内球队碌碌无为。

        希腊超级联赛冠军： (18次) 1930, 1949, 1953, 1960, 1961, 1962, 1964, 1965, 1969,
 1970, 1972, 1977, 1984, 1986, 1990, 1991, 1995, 1996。
        希腊杯冠军： (15次) 1940, 1948, 1955, 1967, 1969, 1977, 1982, 1984, 1986,
1988, 1989, 1991, 1993, 1994, 1995。
        希腊超级杯冠军：(2次) 1988, 1993。