1996年6月6日，长春亚泰足球俱乐部正式挂牌成立。1997－1999年间，长春亚泰三次参加乙级联赛，其中两度杀入八强，但总是在最后时刻功亏一篑，未能冲甲成功。2000年，亚泰俱乐部与八一超能兵合一处，组成长春亚泰雄狮队征战2000年甲B联赛，结果初出茅庐的长春亚泰队竟取得了第五名的佳绩。随后长春亚泰俱乐部最终决定出资1500万元永久买断八一超能的甲B参赛权，自此长春亚泰成为了一支真正的职业球队。2001年，长春亚泰足球队以1个净胜球的优势力压成都五牛队获得甲B联赛第2名。但中国足协最终认定其参与了打假球，不仅取消了其升级名额，还对相应教练、队员给予了处罚。
      2002年、2003两年中，长春亚泰在甲B联赛中的成绩不错，2003年甚至以领先第二名河南建业5分的巨大优势获得冠军。但按中国足协的计划，这两年都是调整年，暂停升降级。2004年的中甲联赛倒是有两个升级名额，但这一年国奥队打预选赛抽调了多名亚泰主力球员，使亚泰实力受到相当大的影响，积分也因此被拉开了巨大差距。虽然他们后一阶段奋起直追，但已经无法超越武汉和中邦两队，再次抱憾而归。
       2005年7月，国奥教练组集体转会到长春亚泰，他们带着曹明、杜震宇这些昔日弟子们，打着361的旗帜，带着国奥的烙印，最终实现了“魔鬼回归”，提前完成了冲超的使命。

      中超联赛冠军：2007。
      中甲联赛冠军：2005。