2000年，霍芬海姆首次升入第四级别联赛，01年升入第三级别联赛，也就是德国南部地区联赛，在南区联赛的第一个赛季中球队以第13名的成绩站稳了脚跟，第2年又以4分之差险些升上德乙。终于又经过了四个赛季的不懈努力，在2006-07赛季球队提前4轮最终以南区第2名的成绩历史性升入德乙，这在德国足坛引起了轰动。
        07-08赛季即以联赛第二的身份力压弗雷堡、美因茨等多支传统劲旅，神奇地以连续升级的方式进入德国顶级赛事，要知道90年代初期球队还在第七级别联赛，进步可谓神速。08-09赛季球队引援花销不菲，球队主教练是德甲有名的教头、曾经执教过沙尔克的兰尼克，登巴巴、伊比舍维奇和奥巴西组成了球队的三叉戟，他们在德甲赛场一路过关斩将而取得了联赛的上半程冠军，再度震惊世界足坛；下半赛季，由于三名球队出现了不同程度的伤病，三叉戟土崩瓦解，最终取得联赛第七。新赛季，球队在保留原有球员的同时，他们还从柏林赫塔引进了希穆尼奇等实力选手，期待霍芬海姆在新赛季给世界足坛再次带来惊喜。
       2006年霍芬海姆的管理层决定兴建全新30,000座的莱茵·内卡竞技场球场的规格更适合举行德甲比赛。原定选址海德堡，因未能就环保与当地政府达成协议。最终在辛施海姆找到合适地点兴建新球场，于2007年5月25日动工，于2009年1月建成启用。在08-09赛季德甲前半程采用位于曼海姆的卡尔·奔驰体育场，可容26,022人，下半赛季即迁到莱茵·内卡竞技场。
       2011年1月1日，在10/11赛季冬歇期放行中场悍将古斯塔沃加盟拜仁之后，霍芬海姆接连出现人事巨变：主教练朗尼克辞去了主教练职务，原因是不满俱乐部的前景规划。两天后，原助理教练佩扎伊沃利接手“霍村”，2009年他带领德国U17队获得欧青赛冠军，此前并无独立执教职业队的经验。

        霍芬海姆的前身是霍芬海姆体操俱乐部，他成立于1899年7月1日。1921年，霍芬海姆足球俱乐部诞生。到了1945年两队合并成立了TSG1899霍芬海姆，这也是如今霍芬海姆俱乐部的雏形。上世纪90年代初，球队还只是在德国当地的第7级巴登-符腾堡联赛。
        1989年，迪特马尔.霍普(Dietmar Hopp)赞助了霍芬海姆10000马克用于购买训练足球和球队西服。从此霍芬海姆开始进入了霍普时代，霍普是著名软件商“SAP”的创始人之一，如今SAP已经成为了欧洲第一大软件制造商。